Docking de derivados de ácido cinâmico, como

Docking de derivados de ácido cinâmico, como inibidores, com uma Lys49fosfolipase A 2 básica de Bothrops sp.
Ewerton Chagas Menezes, Camila Mayara de Oliveira Guimarães, Lívio Carvalho de Figueirêdo
Introdução: Os acidentes causados por serpentes peçonhentas representam significativo
problema de saúde pública, especialmente em países tropicais, pela frequência com que ocorrem
e pela mortalidade que ocasionam. Um grande número de toxinas proteicas foram purificadas e
caracterizadas a partir de peçonhas de serpentes as quais geralmente contêm de 30 a mais de
100 toxinas. As diferentes toxinas de peçonhas podem ser reconhecidas e inibidas por anticorpos
monoclonais e/ou policlonais, e também por algumas moléculas de diversas naturezas, incluindo
agentes químicos, sintéticos e naturais de origem animal e vegetal. Dessa forma, o presente
estudo teve por objetivo analisar interações por meio de docking de 15 derivados de ácido
cinâmico sintéticos comerciais como inibidores de uma Lys49-fosfolipase A2 básica de Bothrops
sp. por modelagem molecular. Materiais e Métodos: As estruturas foram obtidas por meio do
banco de dados públicos do PDB (www.rcsb.org/pdb/home/home.do). AutoDock 4 e AutoDock
Vina 1.1.2 foram utilizado para realizar os estudos de docking. Para facilitar as análises foi
utilizado o PyMol Autodock/Vina plugin. As estruturas 3D das proteínas PLA2s foram carregadas
e cargas Kollman, hidrogênios polares e não-polares foram adicionados para o docking rígido. O
ligante (inibidor) foi carregado para o software em formato .pdb e as torções foram fixadas para o
mesmo. Cargas Gasteiger e hidrogênios não polares foram computados automaticamente. Os
parâmetros de grid foram aplicados e o programa calculou a energia de interação entre o ligante
a macromolécula. Após a etapa de AutoGrid, o arquivo de parâmetros foi ajustado. O número de
execuções para cada experimento de docking foi ajustado para 100 e o número de evals foi
mantido para 25.000. As estruturas 3D das proteínas e das interação proteína-ligante foram
visualizadas pelo programa PyMOL. Resultados e Discussão: Utilizando-se o programa AutoDock
Vina e adicionando todos os hidrogênios à proteína, os melhores scores foram para os ligantes
14 e 15, variando de -9700 a -8800. Adicionando-se apenas hidrogênios polares à proteína, os
melhores scores também foram para os ligantes 14 e 15, com uma variação um pouco menor,
de -9700 a -9100. Utilizando-se o programa AutoDock 4 e adicionando todos os hidrogênios à
proteína, os melhores scores foram para os ligantes 15 e 6, com valores mais expressivos,
quando comparados aos resultados com o programa AutoDock Vina, e variação de -11540 a _______________________________________________________________________________
10280.
Adicionando-se apenas hidrogênios polares à proteína, os melhores scores também
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foram para os ligantes 15 e 6, com valores variando entre -10990 a -10150. Mas diferente da
abordagem anterior, os melhores resultados variaram bastante em relação as melhores posições
de ancoragem. Conclusão: A metodologia de docking utilizada sugere várias interações entre os
derivados de ácido cinâmico e o sítio ativo da proteína Lys49-fosfolipase A2 básica de Bothrops
sp., sendo os ligantes 15, 14 e 6 os que obtiveram melhores resultados.
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